O Camboriú FC foi fundado em 11 de abril de 2003 por empresários e amantes do esporte em Camboriú. Como Sociedade Desportiva Camboriuense, o clube trazia as cores da cidade, verde, laranja e branco, e em sua primeira temporada era semi-profissional. Em 2004, o Tricolor da Baixada (como é conhecido pela localização de seu estádio) foi à Itália disputar o Torneo di Viareggio (sub-23) e encarou equipes como o Galatasaray-TUR e a Roma-ITA.

Em 2006, o clube conquistou a Divisão de Acesso, e disputou a Divisão Especial 2007, quando bateu o Joinville na Arena por 5 a 0. Em 2009, a Camboriuense trocou seu presidente (saiu Altamir Montibeller para a entrada de José Henrique Coppi) e também seu nome. Atendendo a um pedido do poder público e do empresariado municipal, o tricolor passou a se chamar Camboriú Futebol Clube.

Em 2011, após incansáveis tentativas, o Camboriú conquistou a Divisão Especial Catarinense e, com ela, o direito de disputar o principal campeonato do futebol estadual em 2012. Esta foi a primeira vez que um time da cidade disputou a elite do Catarinão.

O time também tem tradição nas competições de base. O Tricolor conquistou o campeonato sub-20 da Segunda Divisão em seis ocasiões: de 2004 a 2008, ininterruptamente, e em 2011.