Fundado em 2003 ainda como Sociedade Desportiva Camboriuense, o clube surgiu no dia 11 de abril de 2003.
Em 2006, o clube conquistou a Divisão de Acesso, e disputou a Divisão Especial 2007, quando bateu o Joinville na Arena por 5 a 0. Em 2009, a Camboriuense trocou seu presidente (saiu Altamir Montibeller para a entrada de José Henrique Coppi) e também seu nome.
Atendendo a um pedido do poder público e do empresariado municipal, o tricolor passou a se chamar Camboriú Futebol Clube.
Em 2011, após incansáveis tentativas, o Camboriú conquistou a Divisão Especial Catarinense e, com ela, o direito de disputar o principal campeonato do futebol estadual em 2012. Esta foi a primeira vez que um time da cidade disputou a elite do Catarinense.
Em 2015, o Camboriú foi vice-campeão Catarinense da Série B e garantiu seu retorno à elite do futebol catarinense.
Em 2021 e 2022, o Cambura fez história em Santa Catarina, depois de 4 anos na Série B, conquistando o retorno à primeira divisão do estadual em 2021 com a melhor campanha de todos os tempos da competição com 46 pontos ganhos, sendo 15 vitórias em 18 jogos.
No ano seguinte com muita organização e trabalho, o Camboriú derrotou os grandes do estado e conquistou vaga na Série D do Brasileirão 2023, Copa do Brasil 2023 e foi vice-campeão catarinense da Série A com 10 jogos seguidos de invencibilidade.
O time também tem tradição nas competições de base. O Tricolor conquistou o campeonato sub-20 da Segunda Divisão em seis ocasiões: de 2004 a 2008, ininterruptamente, e em 2011.
Semifinalista nas duas competições da categoria sub-20 que disputou em 2022: Copa Santa Catarina e Catarinense Série A, em 2023 foi a primeira participação da história do Camboriú na Copa São Paulo de Futebol Jr.